Domínios de complementos devem ficar na pasta public_html?

Criei um domínio de complemento deixando o campo "raiz do documento" conforme havia sido preenchido automaticamente, e a pasta para o novo domínio foi criada em /, fora de "public_html", um nível acima. Gostaria de saber se isso pode dar algum problema de segurança ou de funcionamento para alguma aplicação. É recomendável mudar o diretório root para a pasta public_html ou isso não faz diferença?